تقدم كلية علوم المختبرات الطبية (MLS) درجة أكاديمية في خمس سنوات بمجموع 182 ساعة معتمدة لمنح الخريجين في مجال علوم المختبرات الطبية البكالوريوس المتخصص في أحد التخصصات التي تشمل: الكيمياء السريرية ، أمراض الدم ومبحث المناعية الدموية ، أمراض الأنسجة والخلايا ، علم الأحياء الدقيقة والطفيليات والحشرات الطبية. تم تصميم برنامج الكلية لتمكين الطلاب من تطوير الكفاءات اللازمة لتقديم خدمة المختبر الحديثة. يكتسب خريجو برنامج علوم المختبرات الطبية في جامعة الزعيم الأزهري مهارات ومعرفة عالية المستوى في المجالات الطبية الحيوية ذات الصلة التي يمكن للطلاب من خلالها إعداد تقارير مختبرية موثوقة وتفسير النتائج وفهم مصادر الأخطاء واستكشاف الأخطاء وإصلاحها ، والتي تمكن لهم تحقيق سمعة ممتازة محليا ،اقليميا ودوليا.

كما تمنح الكلية درجة الماجستير والدكتوراه في أحد التخصصات الخمسة.